Ce sont ainsi 111 passages aux urgences en semaine 31, contre 71 la semaine précédente (+ 56 %) chez les moins de 2 ans, 485 passages contre 389 (+ 25 %) chez les 15-74 ans et 324 passages contre 242 (+ 34 %) chez les plus de 75 ans aux mêmes échéances qui motivent un regain d’attention pour le Covid-19Covid-19 Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2. Le bulletin concernant la semaine 30 relevait quant à lui une augmentation de 26 % du nombre de passages aux urgences pour symptômes évocateurs de Covid-19, soit 149 passages supplémentaires par rapport à la semaine précédente dans toutes les classes d’âge.
Les régions les plus concernées par cette hausse sont les Pays de la Loire (+ 210 % soit + 21 passages), la Normandie (+ 71 % soit + 15 passages), Bourgogne-Franche-Comté (+ 67 % soit + 10 passages), Nouvelle-Aquitaine (+55 % soit + 62 passages), Auvergne-Rhône-Alpes (+ 35%), Bretagne (+ 36 %), PACA (+ 33 %) et Occitanie (+ 31 %).
Alors que l’OMS a levé l’urgence sanitaire en mai dernier et que la France a cessé le suivi de l’épidémie – fin du fichier Si-Dep et mise en « pause » de l’application TousAntiCovid fin juin 2023 – ce frémissement serait lié à l’émergence d’un nouveau lignage EG.5 puis E.G 5.1. C’est ce dernier qui a été surnommé Éris, déesse grecque de la discorde, mais aussi planète naine du système solaire par un scientifique canadien, T. Ryan Gregory, qui a la manie de donner des noms ésotériques aux variants. C’est à lui que l’on doit d’avoir rebaptisé XBB 1.5, le variant dominant au printemps 2023, “Kraken” avec l’imaginaire qui en découle. Difficile de suivre avec ces changements de dénomination, mais on s’y retrouve : EG 5.1 de sa vraie appellation XBB.1.9.2.5.1 serait responsable de 17 % des séquences selon l’OMS, 12 % selon l’ECDC, 35 % selon la base de données internationale Gisaid. Aucun chiffre pour la France qui contribuait le 7 août dernier pour 1,6 % (119) des séquences disponibles dans le monde (cf. infra).
Les virus EG.5
L’OMS a ajouté ce variant à sa liste des “variants d’intérêt”. Pour comprendre les appellations et le système de surveillance, il faut préciser qu’il existe trois types de variants dont découle le niveau de surveillance et de préoccupation internationale, par ordre croissant :
- les variants sous surveillance (VUM)
- les variants d’intérêt (VOI)
- les variants préoccupants (VOC)
L’OMS a aussi annoncé, le 16 mars 2023, qu’à l’avenir, les lettres grecques (Alpha, Delta, Omicron) ne seront attribuées qu’aux variants préoccupants. Tandis que les VOI, comme EG 5.1, seront désignés par des systèmes de nomenclature scientifique établis (par exemple, XBB.1.5). De sa filiation, EG 5.1 est un XBB 1.9.2.5.1, descendant de XBB 1.9 et avec la signature XBB qui est celle, non pas seulement de mutant, mais d’un recombinant de deux variants Omicron identifiés en novembre 2021 et qui avaient chassé Delta. L’EG 5.1 (Éris, donc) a lui chassé XXBB.1.5 majoritaire en France depuis le printemps 2023.
Le 9 août, l’OMS a publié une première évaluation du risque lié à EG.5. Signalé la première fois le 17 février 2023 en Inde, EG.5 porte une mutation supplémentaire d’acide aminé F456L dans la protéine de pointe (spike) par rapport au parent XBB.1.9.2. La finalité de cette accumulation de mutations et de recombinaisons est d’échapper à la réponse immunitaire induite par la vaccination et/ou l’infection CovidCovid-19 Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2.
Au 7 août 2023, 7 354 séquences d’EG.5 ont été soumises au Gisaid de la part de 51 pays.
La plus grande partie des séquences EG.5 provient de Chine (30,6 %, 2247 séquences). Plusieurs autres pays comptent au moins 100 séquences : les États-Unis, la République de Corée, le Japon, le Canada, l’Australie, Singapour, le Royaume-Uni, la France, le Portugal et l’Espagne.
L’OMS estime que « sur la base des preuves disponibles, le risque pour la santé publique posé par EG.5 est évalué comme faible au niveau mondial ». Alors que EG.5 a montré une prévalencePrévalence Nombre de personnes atteintes par une infection ou autre maladie donnée dans une population déterminée. accrue, un avantage de croissance et des propriétés d’échappement immunitaire, l’OMS ne constate pas de changement dans la gravité de la maladie et s’interroge sur le lien entre les augmentations simultanées de la prévalence d’EG.5 et des hospitalisations pour Covid-19 (qui restent inférieures aux vagues précédentes) observées au Japon et en République de Corée. En clair, la maladie n’est pas plus grave, mais elle ne l’est pas moins pour celles et ceux qui ne bénéficient pas de la protection vaccinale et/ou des traitements.
Cependant, « en raison de son avantage de croissance et de ses caractéristiques d’échappement immunitaire, EG.5 peut entraîner une augmentation de l’incidence des cas et devenir dominant dans certains pays ou même à l’échelle mondiale », souligne l’OMS.
Inquiétudes en série
Les principales préoccupations viennent de plusieurs points :
- 1) ces variants d’échappement rendent les anticorps monoclonaux actuellement disponibles pour protéger les plus fragiles, notamment les immunodéprimés, totalement inefficaces. Même si les principaux antiviraux comme le Paxlovid conservent leur efficacité.
- 2) le niveau de transmissibilité des XBB/recombinant est considérablement accru ; on parle d’un R0R0 Le taux reproduction de base d’un virus ou R0, estime combien de personnes en moyenne sont infectées par une personne infectée. Supérieur à 1, il indique qu’un malade va infecter plus d’une personne et donc que l’épidémie va progresser. Inférieur à 1, les malades infectent moins de personnes et l’épidémie peut régresser. autour de 10, soit une personne qui en contamine 10 (on était autour de 3 pour Delta), mais on n’a pas encore ce type de données pour l’EG5.1. Avec une telle transmissibilité, les chaînes de transmission vont se mettre en route pour aller jusqu’aux plus vulnérables : immunodéprimés, personnes atteintes de maladies rares, obèses, non vaccinées, personnes âgées, etc. Avec un risque accru de cluster notamment nosocomial.
- 3) le système de surveillance a été modifié et allégé (voir ci-dessus) si bien qu’on ne possède pas de chiffres d’incidence et de sa dynamique, de taux de positivité des tests, de R0.
- 4) rien ne permet de dire que les Français dans cette période estivale vont avoir le réflexe du test qui permet d’adopter et d’adapter les mesures barrières, d’accéder au traitement pour ceux qui en relèvent et de suivre l’épidémie par les séquences (test PCR). Enfin, cette résurgence d’été repose avec acuité la question du type de vaccin et de campagne vaccinale pour l’automne 2023.
Enfin, dernière question que tout le monde se pose : pourquoi maintenant ? Parce que c’est la période de l’année avec le plus fort déclin immunitaire (vaccin + Covid) à équidistance de deux campagnes vaccinales automnales. En lien aussi avec la haute transmissibilité du variant en cause et sans doute à la faveur des grands regroupements type festivals, voire des plus petits liés à une météo peu clémente…