Le virus mpox circule chez l’être humain depuis plus d’un demi-siècle, et pourtant l’animal qui l’héberge dans la nature n’a toujours pas été formellement identifié. Malgré des décennies de recherche sur le terrain, en Afrique centrale comme en Afrique de l’Ouest, aucune transmission d’un animal sauvage à un être humain n’a été confirmée virologiquement. C’est cette impasse qui a conduit Antoine Gessain, virologue à l’Institut Pasteur, et Alexandre Hassanin, spécialiste de la systématique des mammifères à l’ISYEB (CNRS/MNHN/Sorbonne Université), à développer une approche inhabituelle: s’appuyer sur les collections de musées d’histoire naturelle pour traquer le réservoir animal. C’était le sujet de son intervention aux Journées scientifiques de l’ANRS-MIE, les 1er et 2 avril 2026 à Paris.
Un virus sans réservoir identifié
Découvert en 1958 dans une animalerie au Danemark chez des singes asiatiques, le virus mpox n’a, on le sait maintenant, aucun lien avec les singes (Voir notre fiche sur le sujet). C’est un orthopoxvirusOrthopoxvirus Famille de virus à laquelle appartiennent la variole, la vaccine et le monkeypox (mpox). cousin de la variole, dont le premier cas humain remonte à 1970 en République démocratique du Congo (RDC). Longtemps cantonné à l’Afrique avec un R0R0 Le taux reproduction de base d’un virus ou R0, estime combien de personnes en moyenne sont infectées par une personne infectée. Supérieur à 1, il indique qu’un malade va infecter plus d’une personne et donc que l’épidémie va progresser. Inférieur à 1, les malades infectent moins de personnes et l’épidémie peut régresser. faible, il a connu deux émergences majeures: la pandémie mondiale de 2022 (plus de 100 000 personnes dans une centaine de pays, essentiellement dans la communauté homosexuelle masculine) et la flambée de 2023 au Sud-Kivu, portée par une nouvelle souche (clade Ib) avec des taux de létalité atteignant 11% chez les enfants de moins de cinq ans. L’Organisation mondiale de la santé a déclaré deux fois l’urgence de santé publique de portée internationale. L’alerte a été levée en septembre 2025, mais le virus continue de circuler et la vaccination reste très insuffisamment accessible en Afrique.
Le réservoir animal demeure mal connu. Les tests sérologiques manquent de spécificité (forte réactivité croisée entre orthopoxvirus), et les isolements viraux chez l’animal se comptent sur les doigts d’une main. Les meilleurs candidats: des écureuils arboricoles du genre Funisciurus, en particulier Funisciurus anerythrus, chez lequel le virus a été isolé en RDC dès 1986, avec des séroprévalences supérieures à 50%.
Des niches écologiques aux tiroirs des musées
Pour préciser ces pistes, l’équipe a d’abord comparé la distribution géographique du mpox zoonotique avec celle de mammifères africains par modélisation de niches écologiques. En partant de 6 000 espèces, les chercheurs ont resserré le champ jusqu’à une centaine d’espèces forestières pour lesquelles des données virologiques existaient. Le résultat, publié dans la revue Viruses en 2023, est net: F. anerythrus arrive en tête, suivi d’un petit loir et d’un autre écureuil, F. pyrropus.
Plutôt que d’organiser des campagnes de capture dans une vingtaine de pays africains, l’équipe s’est alors tournée vers les musées: le Muséum national d’histoire naturelle de Paris, le Musée royal de l’Afrique centrale de Tervuren (Belgique), le Field Museum de Chicago, les musées de Bonn et de Berlin, le Naturalis de Leyde. Ces institutions conservent des milliers d’écureuils africains naturalisés, parfois depuis le XIXe siècle.
Les chercheurs prélèvent de minuscules biopsies de peau ventrale (quelques millimètres carrés) pour en extraire l’ADN. Fragmenté et dégradé, celui-ci est néanmoins exploitable: l’ADN mitochondrial, présent à environ 50 copies par cellule, se prête bien à l’amplification par PCRPCR "Polymerase Chain Reaction" en anglais ou réaction en chaîne par polymérase en français. Il s'agit d'une méthode de biologie moléculaire d'amplification d'ADN in vitro (concentration et amplification génique par réaction de polymérisation en chaîne), utilisée dans les tests de dépistage. et au séquençage haut débit. Plus de 500 échantillons ont été traités. Sur une centaine, la totalité de l’ADN mitochondrial (environ 15 000 paires de bases) a pu être reconstituée.
Deux espèces d’écureuils, deux cladesClade Les clades désignent les variations d’un même virus qui ont divergé au gré des mutations génétiques. viraux, un fleuve
En croisant pelage et ADN, l’équipe a montré que Funisciurus pyrropus recouvrait en réalité deux espèces distinctes. Le véritable F. pyrropus (holotype décrit par Frédéric Cuvier en 1833, conservé au Muséum de Paris) vit en Afrique centrale. Les écureuils d’Afrique de l’Ouest, qui arborent une large bande rougeâtre sur les flancs, appartiennent à une espèce différente, Funisciurus leucostigma, décrite par Temminck en 1853 mais longtemps confondue avec pyrropus.
Cette erreur n’est pas anodine. Elle avait conduit à mal identifier l’écureuil responsable de la contamination d’une colonie de mangabeys en Côte d’Ivoire. « Même sur des animaux expérimentalement infectés, la systématique de base n’a pas été vraiment faite », regrette Antoine Gessain citant une étude d’inoculation où la moitié des écureuils étiquetés F. anerythrus étaient en fait des congicus.
Cette distinction a des implications virologiques directes. Les deux clades du mpox (clade I en Afrique centrale, cladeClade Les clades désignent les variations d’un même virus qui ont divergé au gré des mutations génétiques. II en Afrique de l’Ouest) se répartissent de part et d’autre du fleuve Sanaga, au Cameroun, seul pays où les deux coexistent. Et cette même frontière naturelle sépare les écureuils: F. anerythrus au sud (zone du clade I), F. leucostigma au nord (zone du clade II). Les résultats, publiés dans la revue One Health en 2025, suggèrent que l’isolement des populations d’écureuils de part et d’autre de la Sanaga, il y a plusieurs centaines de milliers d’années, a entraîné simultanément la divergence des espèces animales et celle des lignées virales. L’évolution naturelle des virus étant dépendante de leur hôte réservoir, elle est limitée géographiquement par la capacité de dispersion des animaux qui les hébergent. Sauf quand le virus saute à l’être humain: les fleuves cessent alors d’être des barrières.
Bientôt la preuve directe?
Beaucoup reste à faire. La profondeur temporelle des collections (certains spécimens ont plus d’un siècle) ouvre la voie à des analyses par horloge moléculaire pour retracer la dérive génétique du virus. Et une question fondamentale demeure: toutes les espèces d’écureuils sont-elles également compétentes pour transmettre le virus? « Il n’y a absolument aucune donnée sur la compétence », reconnaît Antoine Gessain, virologue à l’Institut Pasteur.
Antoine Gessain a conclu sur une annonce: l’équipe est en train de séquencer du virus mpox détecté directement dans des spécimens d’écureuils de musée. « Si vous m’aviez donné ce topo dans deux mois, je vous aurais montré la caractérisation du virus directement dans les écureuils, car on est en train d’avoir des positifs. » La confirmation virale directe du réservoir, pièce manquante du puzzle, pourrait arriver prochainement.
À lire également sur Vih.org
- Comment les chercheurs ont reconstitué 37 000 ans d’épidémies : plongée dans la paléo-épidémiologie moléculaire
- Du singe mangabey à l’écureuil à pattes rousses, la quête du réservoir animal du mpox
Références
- Curaudeau M, Besombes C, Nakouné E, Fontanet A, Gessain A, Hassanin A. Identifying the Most Probable Mammal Reservoir Hosts for Monkeypox Virus Based on Ecological Niche Comparisons. Viruses. 2023;15(3):727. doi:10.3390/v15030727
- Curaudeau M, Kerbis Peterhans J, Le Flanchec T, Gilissen E, Granjon L, Barale L, Gessain A, Hassanin A. Squirrel reservoirs of monkeypox virus are sister species separated by the Sanaga River (Cameroon), as are the two main viral clades. One Health. 2025;21:101157. doi:10.1016/j.onehlt.2025.101157
- Hassanin A, Gessain A. « Variole du singe »: Où se cache le virus mpox? Quand virologues et systématiciens mènent l’enquête. The Conversation. 26 mars 2026.