Covid 19 : JN.1 (Omicron) majoritaire, avec un nouveau variant

Plus d’un millier de cas de Covid-19 sont relevés chaque semaine en France en juin 2024, selon le dernier bulletin de surveillance de Santé publique France. Ces indicateurs restent encore à des niveaux faibles, mais en augmentation. Un nouveau sous-variant KP-2 apparait, sans que l’on puisse déterminer son impact sur un éventuel rebond épidémique.

Les passages pour suspicion de Covid-19Covid-19 Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2. poursuivent leur augmentation, mais de façon moins marquée qu’en S23 (+19 % tous âges vs +54 % en S23) à l’hôpital avec 1 440 passages enregistrés en S24 (du 10 au 16 juin 2024). Les adultes sont plus concernés (+23 % et 1 273 passages en S24). La part d’activité reste modeste (0,4%) mais progresse depuis neuf semaines selon Oscour, le système de veille des Urgences. En ville, le nombre d’actes pour suspicion de COVID-19 était de 2 023, soit 2,4% des actes SOS Médecins (vs 1,8% en S23).

La progression des actes est notamment enregistrée chez les 65 ans et plus – 292 actes chez SOS Médecins, soit 3,2% des actes dans cette classe d’âge (vs 2,4% en S23). Chez les 15-64 ans, le nombre d’actes médicaux pour suspicion de Covid-19 était de 1 525, soit 3,1% (vs 2,4% en S23).

Une circulation accrue du SARS-CoV-2 était observée également par la surveillance dans les eaux usées, avec 12 stations de traitement disposant de résultats interprétables, qui montrent une augmentation de 49 % du ratio de concentration virale de SARS-CoV-2 sur concentration en azote ammoniacal entre les semaines 23 et 24. Les douze villes surveillées sont Dijon, Grenoble, Lille, Marseille, Nancy, Orléans, Paris, Pau, Rennes, Rouen et Toulouse. Les résultats publiés le 19 juin révèlent une concentration accrue du virus à Toulouse et à Paris et Nantes, mais dans une moindre mesure.

Un variant KP.2 nommé « Flirt »

Le variant JN.1 (Omicron) est aujourd’hui dominant en France et au niveau mondial. En France hexagonale, il représentait, avec ses sous-lignages, 92% des séquences interprétables de l’enquête Flash du 21 mai 2024. La détection du sous-lignage KP.2 augmente progressivement avec 15%, 19% et 35% des séquences des enquêtes Flash des 6, 13 et 21 mai, respectivement.

Dans ce contexte, et après les méga concerts de Taylor Swift qui ont pu constituer des clusters et avant les Jeux olympiques, les autorités rappellent l’importance des gestes barrières, notamment le port du masque en cas de symptômes, dans les lieux fréquentés et en présence de personnes fragiles.