Un indicateur intégré pour les infections respiratoires aiguës

Selon Caroline Semaille, directrice générale de Santé publique France, qui a introduit la présentation le 5 octobre 2023, cette surveillance intégrée doit permettre de «mieux mesurer le fardeau de ces maladies hivernales en santé publique et sur le système de soins», après un hiver 2022-2023 marqué par une triple épidémie et les années de Covid…

Cette surveillance «multi-sources» s’appuie sur un large réseau de partenaires (médecine de ville, hôpital, établissements médicosociaux)… S’y ajoute la surveillance virologique, notamment celle des eaux usées avec le nouveau système Sum’Eau, qui succède à Obépine (voir ci-dessous). Tous sont «des systèmes complémentaires, autant de pièces de puzzle pour mieux aborder la situation», a précisé Caroline Semaille.

Un bulletin IRA intégré

À la place des trois bulletins hebdomadaires diffusés chaque semaine l’hiver dernier (grippe, bronchiolite et Covid), SPF publiera dorénavant un seul bulletin IRA, qui regroupera les données des différentes sources, complétées des indicateurs de l’agence et des points de situation basés sur l’expertise des épidémiologistes. Ce, à partir de la semaine 41, selon Bruno Coignard, directeur Maladies infectieuses de Santé publique France. Le bulletin national pourra être complété de points régionaux.

«Les données de la surveillance virologique, dans les suites de Si-Dep, devraient inclure prochainement les tests grippe et VRS, indique Bruno Coignard, dans le cadre de travaux en cours avec le ministère pour pérenniser et étendre cet outil Si-Dep» (lire notre article). Idem pour la surveillance génomique qui ne concerne aujourd’hui que le CovidCovid-19 Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2. mais que le consortium Emergen pourrait étendre à d’autres pathogènes.

Sum’Eau, une expérimentation intégrée

Ce dispositif national a été initié au moment de l’épidémie du Covid 19 sous l’impulsion de la DGS (ministère de la Santé) et de la direction de l’eau et de la biodiversité (ministère de l’Écologie) avec l’appui technique et scientifique des agences sanitaires (Santé publique France, Anses). Les objectifs assignés à la surveillance des eaux usées, qui présente l’avantage de ne pas dépendre d’une stratégie de dépistage ou de recours aux soins, sont de détecter précocement la présence du génome du Sars-CoV-2 en population générale et de suivre les tendances de la circulation virale au sein d’une population.

Damien Mouly, en charge de la coordination nationale du projet Sum’Eau pour SPF et responsable de la cellule Occitanie, explique que la surveillance des eaux usées capte l’ensemble des personnes infectées et excrétant du virus, rapporté à la population générale.

Aujourd’hui, douze stations de traitement des eaux usées sont mobilisées, avant une extension prévue et progressive pour atteindre une centaine de stations. Les prélèvements sont envoyés chaque semaine au Laboratoire d’hydrologie de Nancy, le laboratoire national de référence des analyses des eaux usées. Les résultats sont transmis à Santé publique France pour la production d’indicateurs qui permettent d’estimer la circulation du virus sur le territoire et d’observer les tendances.

Ces indicateurs seront publiés dans le Point épidémiologique national sur les IRA à partir du 11 octobre 2023 et mis à disposition en open data (sur data.gouv.fr).

«Les virus surveillés sont aujourd’hui le Sars-CoV-2, le suivi d’autres agents pathogènes fait partie de la stratégie de déploiement», selon Damien Mouly en cohérence avec les recommandations européennes. La recherche pourrait se focaliser également sur les variants. «Le dispositif suscite beaucoup d’attente, mais il se met en place de manière progressive, a-t-il tenu à préciser. Il serait imprudent de penser qu’il va répondre à toutes les questions liées à la surveillance épidémiologique». En tant que tel, il ne fournit aucune information sur l’âge, le sexe ou la localisation précise des personnes contaminées, ni de données cliniques…

Après Obépine

«Nous bénéficions des connaissances acquises par la recherche, que ce soit avec le réseau Obépine ou d’autres, a souligné Damien Mouly, mais les objectifs de la surveillance et ceux de la recherche peuvent différer». Obépine, ou Observatoire épidémiologique dans les eaux usées, a mis en réseau plusieurs laboratoires de recherche intéressés par la surveillance de l’épidémie. Un GIP a été constitué réunissant dix structures de recherche – l’Inserm, le CNRSCNRS Centre national de la recherche scientifique. Eau de Paris, l’École pratique des hautes études, l’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Institut de recherche biomédicale des armées, Sorbonne Université, Université Clermont Auvergne, Université de Lorraine et Université Paris Cité.

Obépine a été associée aux travaux de réflexion liés à Sum’eau, selon SPF. «Une complémentarité entre la recherche et la surveillance qui est à l’identique au sein du consortium Emergen entre les travaux portés par Santé publique France et ceux de l’ANRS Maladies infectieuses émergentes, a précisé Bruno Coignard. Nos données peuvent aider les équipes de recherche et les développements des équipes de recherche font progresser nos méthodes de surveillance.»