Covid : une nouvelle campagne vaccinale sous surveillance

C’est Bruno Lina, directeur du centre national de référence pour les virus des infections respiratoires, qui l’a annoncé : «nous devrions pouvoir retrouver des indicateurs dans les semaines qui viennent». Si-Dep (système d’information de dépistage), mis en place dans le cadre de la loi d’urgence sanitaire et disparu, une fois la loi caduque, pourrait revenir sous la forme de Neo Si-Dep, le ministère de la Santé réfléchissant à consolider ce noyau de la surveillance de l’épidémie en France.

Comment surveille-t-on ?

Aujourd’hui, dans le cadre de la surveillance des variants, le système des enquêtes Flash qui avait été mis en place en début d’année 2021 par Santé publique France et le CNR est toujours en place. «Aujourd’hui, le CNR séquence entre 1 000 et 1 200 virus chaque semaine, détectés chez des patients infectés, ce qui nous permet d’avoir une vision précise de la circulation des variants», a indiqué Bruno Lina. Les enquêtes Flash font partie des cibles prioritaires de la stratégie nationale de surveillance génomique coordonnée par Santé publique France et l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes dans le cadre du consortium Emergen.

Le CNR s’appuie sur trois réseaux complémentaires :

• le réseau des laboratoires hospitaliers qui donne chaque semaine les données brutes de détection des différents virus respiratoires dans le cadre d’une surveillance syndromique,
• le réseau Sentinelles, réseau de médecins généralistes qui sera réactivé la semaine du 2 octobre 2023,
• et le réseau ReLab, un réseau de laboratoires privés en lien avec le CNR, qui sera activé la semaine suivante.

«Ces différents éléments nous permettent d’avoir une vision assez claire du niveau de circulation des virus ; nous ne sommes pas aveugles, comme certains avaient pu le dire, loin de là», a tenu à préciser le virologue. Bruno Lina fait référence aux spécialistes qui ont regretté que la France a abandonné la quasi-totalité de ses outils de suivi de l’épidémie: Si-Dep centralisait ainsi les résultats des tests de dépistage du Covid-19Covid-19 Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2. réalisés par les laboratoires publics ou privés et les pharmaciens, ou l’application #TousAntiCovid, arrêtés à l’été 2023. Le site non-officiel CovidCovid-19 Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2. tracker avait déjà, lui, interrompu ses services le 31 mars 2023.

Par ailleurs, la surveillance des eaux usées reste une priorité, selon Bruno Lina : «le réseau Sum’eau, aujourd’hui en phase de stabilisation, a été mandaté par la DGS pour regarder d’autres pathogènes, et notamment le virus de l’hépatite E qui pose un problème de dissémination». Mais il a été ré-enclenché pour la surveillance du coronavirus et devrait permettre d’obtenir des données prochainement.

Car il est indéniable que l’épidémie reprend : avec un R effectif de 1 au niveau national, et une dynamique de contamination qui part des enfants scolarisés et atteint les plus âgés, le Pr Lina, par ailleurs membre du Covars, le craint : «il est très probable qu’il y aura de nouveau une circulation du coronavirus dans la période hivernale. Son intensité dépendra du niveau de vaccination, du virus qui circulera et du contexte».

Des variants descendants d’Omicron

L’analyse de risque publiée par Santé publique France confirme la prédominance des variants descendants d’Omicron, de classe XBB, recombinants entre les deux lignages apparus précédemment, BA.2 et BA.5. Ils représentent actuellement 95 % des virus en circulation en France, selon Bruno Lina.

Au niveau international, le virus le plus représenté reste EG.5 et son dérivé, surnommé Eris, apparu en juin. Il «descend» de XBB.1.5 et présente de fortes homologies antigéniques avec lui. Les vaccins adaptés à XBB.1.5 – dont le vaccin monovalent Comirnaty omicron XBB.1.5 de Pfizer /BioNTech – ont été autorisés par les instances européennes et ils seront utilisés pour la campagne de vaccination qui débute en France le 2 octobre. Selon les données disponibles, ils seraient plus efficaces que les vaccins précédents contre les variants circulant actuellement de type recombinant XBB mais aussi contre le BA.2.86, (lire notre article) qui représente selon les centres de référence moins de 1 % des variants en circulation.

Une demande d’autorisation a été déposée pour les vaccins de Moderna (Spikevax XBB.1.5) et Novavax (Nuvaxovid). D’autres vaccins (comme le vaccin tétravalent SCTV01E ou le vaccin à protéine Zifivax) sont en phase d’étude clinique, précise Santé publique France. Dans le contexte d’augmentation de la circulation virale observée depuis la fin de l’été, le Covars a suggéré mi-septembre d’avancer la campagne vaccinale au 2 octobre, afin d’assurer des niveaux de protections plus élevés. La vaccination est ainsi recommandée pour les plus de 65 ans, les personnes fragiles, atteintes de comorbidités, les femmes enceintes, les résidents d’Ehpad ou encore les personnes au contact de personnes fragiles.