CROI 2022 — Comprendre l’épidémiologie du Covid-19

Alerte initiale en janvier 2020, description clinique de la maladie dans le courant du même mois et mise à disposition de la séquence du virus quelques semaines plus tard seulement… la qualité de la recherche scientifique et de l’échange d’informations a permis aux connaissances médicales de prendre un formidable départ lors de l’apparition du SARS-CoV-2 (NDR : après, cela s’est vite gâté !).

Understanding the epidemiology of covid-19Covid Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2.
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: a global perspective,
Muge Cevik, University of St Andrews, St Andrews, UK

De nombreux systèmes de surveillance ont été activés ou perfectionnés pour essayer de suivre la pandémie au plus près. Le suivi épidémiologique reste néanmoins handicapé par la faiblesse de certaines surveillances à l’échelle des pays, et des données qui sot parfois difficiles à agréger. Les chiffres actuellement mis en avant (408 millions de cas, 5,8 millions de décès  sont très sous-estimés. L’analyse de la surmortalité globale en Inde montre que l’estimation de décès serait plutôt de 3,5 millions de morts, rien que dans ce pays, beaucoup plus que les décès de covidCovid Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2.
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déclarés actuellement (un peu plus de 500.000). Les épidémies de COVID-19 sont assez différentes d’une région ou d’un pays à l’autre, avec des poussées qui se sont succédées de façons très différentes. La couverture vaccinale influence considérablement le nombre de nouveaux cas, notamment avant l’émergence du variant omicron. Concernant la mortalité, c’est beaucoup la couverture vaccinale des plus de 60 ans qui influence les courbes de mortalités. Le défaut de vaccination dans cette population aux USA explique en partie la surmortalité qui est observée dans ce pays où la défiance vaccinale reste assez vive (NDR: voir résumés de lundi).

Pandémie Covid en 2022
Pandémie du Covid-19 en 2022

On peut classer les facteurs qui influencent la transmission en 4 grandes catégories  :facteurs liés à l’hôte (immunité populationnelle, démographie, schéma de contacts), facteurs environnementaux (saisonnalité etc…) , facteurs liés au virus lui-même (dynamique de charge viraleCharge virale La charge virale plasmatique est le nombre de particules virales contenues dans un échantillon de sang ou autre contenant (salive, LCR, sperme..). Pour le VIH, la charge virale est utilisée comme marqueur afin de suivre la progression de la maladie et mesurer l’efficacité des traitements. Le niveau de charge virale, mais plus encore le taux de CD4, participent à la décision de traitement par les antirétroviraux.
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, transmissibilité, symptômes induits, apparition de nouveaux variants  et facteurs structurels (comme les déterminants sociaux de santé). Concernant le schémas des contacts, il peut être assez complexe : proximité du cas index,  durée d’exposition, fréquence des contacts, type d’activité, promiscuité, réseau de connaissance, et moments du contacts (les cas index sont très contagieux en début d’infection). La question de la transmission est finalement plus liée à des questions sociales que des questions biologiques : que le virus soit très transmissible ou pas par voie respiratoire, si vous dormez toutes les nuits dans le même lit que le cas index vos risques d’acquisition du virus sont très élevées!

Les schémas épidémiques globaux sont mitigés
Les schémas épidémiques globaux sont mitigés

Ces question sociales et de réseau sont cruciales pour comprendre l’évolution épidémique et comment intervenir. Un bon exemple est la corrélation entre niveaux de revenus et déplacements:  mesurée juste avant la pandémies, l’analyse des données massives des réseaux sociaux montraient que les personnes aux revenus les plus élevés étaient les plus susceptibles d’avoir des contacts et de se déplacer. Mais au moment du confinement en mars 2020, la tendance s’est totalement inversée : ce sont les personnes aux revenus les plus faibles qui se sont le plus déplacées et n’ont pu limiter leur nombres de contacts, notamment car elles ne disposaient pas d’emplois permettant le télétravail: dans les pays industrialisés, la capacité à pouvoir s’isoler est « haut revenus dépendante ».

Facteurs de transmission du Covid-19
Facteurs de transmission du Covid-19

La proportion d’infections asymptomatique est un élément essentiel pour guider les politiques publiques et elle est très difficile à estimer. Une méta-analyse permet d’estimer cette proportion à environ 20%, avec un risque de transmission amoindri pour ces cas particuliers.

L’effet des vaccins est également difficile à mesurer de façon précise, surtout avec les évolutions rapides de variants.

Le SARS-COV-2 va circuler longtemps, mais sera « gérable » du fait de la vaccination… 10,3 milliards de doses ont été réalisées à ce jour, mais de façon inéquitables. Et surtout l’impact sur les systèmes de santé est majeur et on mettra beaucoup de temps à mesurer les dégâts collatéraux et l’impact sur chaque pathologie non-Covid, comme les cancers, le diabète, le VIHVIH Virus de l’immunodéficience humaine. En anglais : HIV (Human Immunodeficiency Virus). Isolé en 1983 à l’institut pasteur de paris; découverte récemment (2008) récompensée par le prix Nobel de médecine décerné à Luc montagnier et à Françoise Barré-Sinoussi.
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, la tuberculose : pour la première fois en 10 ans les décès liés à la tuberculose ont augmenté en 2020-2021 et le nombre de personnes ayant débuté un traitement anti-tuberculose à diminué L’OMS . Chaque « vague » a eu des impacts différents sur la santé globale des populations, comme on peut le voir sur le schéma.
Ce ne sont pas les personnes en elle-même qui sont les vecteurs de la pandémie, mais l’absence de réponse à leur besoin. Il est par exemple illusoire de vouloir maintenir des individus à l’isolement si en parallèle on ne réponds pas à leurs besoins essentiels lors de la période d’isolement.

Le rétablissement fait partie de la réponse à la pandémie
Le rétablissement fait partie de la réponse à la pandémie

La nécessité de réponse très rapide en situation pandémique remettent question notre attachement à l’evidence based medecine, qui est quelque chose qui s’inscrit dans un temps long alors qu’une réponse à la pandémie s’inscrit dans un temps court.

Les personnes ne sont pas des facteurs de transmission, mais leurs besoins non satisfaits le sont
Les personnes ne sont pas des facteurs de transmission, mais leurs besoins non satisfaits le sont

Le fait de devoir agir vite et pour le plus grand nombre a éloigné notre attention de ceux qui sont les plus marginalisés et cela a eu tendance à exacerber les inégalités sociales de santé. Il est notamment urgent de disposer de systèmes d’assurance maladies universels, les inégalités d’impacts de la pandémie actuelle étant très corrélées aux caractères inégalitaires des systèmes de santé (NDR : suivez mon regard…🇺🇸).

(NDR : un topo tout a fait passionnant dont le conseille le visionnage en replay par tous ceux qui sont intéressés aux déterminants de la pandémie et aux inégalités sociales en santé !)

Ce texte a été publié avec d’autres comptes-rendus de la conférence sur le site du COREVIH Bretagne, nous le reproduisons ici avec l’aimable autorisation de son auteur, le Dr Cédric Arvieux.