Six ans après le début de la pandémie de SARS-CoV-2, les syndromes post-infectieux restent un enjeu majeur de santé publique. A l’instar du CovidCovid-19 Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2. long, des millions de patients dans le monde vivent avec des symptômes invalidants qui persistent des mois, voire des années, après l’infection initiale. Le point presse du 12 mars 2026 de l’ANRS Maladies infectieuses émergentes (ANRS MIE) a été l’occasion de faire le point sur ces syndromes post-infectieux, le Covid long bien sûr, mais aussi les séquelles chroniques du chikungunya et le syndrome post-borréliose de Lyme.
Dans son introduction, le Pr Éric Rosenthal, conseiller scientifique de l’agence, a expliqué que l’ANRS MIE réfléchissait actuellement à élargir le périmètre de son action coordonnée sur le Covid long à l’ensemble des syndromes post-infectieux. Une logique de recherche transversale encouragée notamment par les instances européennes.
Covid long : reconnu mais encore mal pris en charge
Pauline Oustric, présidente de l’association AprèsJ20 et membre de l’action coordonnée de l’ANRS-MIE sur le sujet, a dressé un constat contrasté. Selon les données de l’OMS et de Santé publique France, environ 400 millions de personnes sont touchées par le Covid long dans le monde, dont quelque 2 millions en France, ce qui représente environ 4% de la population française et 6% de la population mondiale. La maladie peut survenir à tout âge, y compris chez l’enfant, après une infection même légère et en l’absence d’antécédents médicaux.
La définition posée en 2024 par la NASEM (National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine) décrit le Covid long comme une affection chronique post-infectieuse, pouvant persister au moins trois mois, de nature continue, rémittente ou récidivante, et touchant plusieurs systèmes de l’organisme. Cette définition englobe des séquelles souvent exclues à tort du champ du Covid long, comme le syndrome d’activation mastocytaire (SAMA), le syndrome de tachycardie orthostatique posturale (POTS) ou les myocardites.
Malgré cette reconnaissance institutionnelle (parcours de soins défini par la Haute Autorité de santé dès 2020, puis actualisé en 2024), Pauline Oustric a souligné le décalage persistant entre les avancées scientifiques et la réalité du terrain. Les structures de prise en charge sont saturées ou ont fermé depuis 2025, les formations des professionnels de santé restent insuffisamment diffusées et aucun parcours pédiatrique effectif n’existe à ce jour, ce qui entraîne des risques directs de décrochage scolaire non adressés et des signalements abusifs au lieu d’une prise en charge.
Pauline Oustric a également rappelé que l’OMS et la Commission européenne, en partenariat avec des associations de patients, lancent à l’occasion de cette Journée du 15 mars une campagne de communication visant à combattre les idées fausses sur le Covid long.
Les mécanismes physiopathologiques du Covid long
Mireille Laforge, chercheuse au CNRSCNRS Centre national de la recherche scientifique. 1CR CNRS & Team leader de l’équipe 3I Brain- UMR 1141 et responsable d’un consortium national sur les mécanismes physiopathologiques du Covid long, a présenté les avancées de la recherche fondamentale. Plusieurs pistes sont aujourd’hui solidement documentées : la persistance virale tissulaire du SARS-CoV-2, une inflammation chronique également tissulaire, une atteinte vasculaire et endothéliale, ainsi qu’un dysfonctionnement mitochondrial affectant la production énergétique cellulaire. La persistance virale ne se détecte ni dans le sang ni par les examens de routine, ce qui explique en partie l’errance diagnostique des patients dont les bilans standards reviennent normaux.
L’enjeu prioritaire, selon Mireille Laforge, réside dans le développement de biomarqueurs fiables. Ceux-ci permettraient non seulement de poser un diagnostic, mais aussi de stratifier les patients selon leurs mécanismes physiopathologiques dominants, ouvrant la voie à une médecine de précision. Car les essais thérapeutiques menés jusqu’ici dans le monde (plus d’une dizaine) se sont soldés par des échecs, faute d’un ciblage suffisamment précis.
En France, un seul essai thérapeutique est en cours de préparation, explorant deux axes : l’utilisation d’antiviraux pour éliminer les réservoirs viraux persistants et l’immunomodulation pour réduire l’inflammation et les atteintes vasculaires associées. Mireille Laforge a insisté sur l’absence totale de recherche financée sur le Covid long pédiatrique, alors que les études menées en Espagne, en Italie et au Canada montrent que les mécanismes physiopathologiques chez l’enfant sont comparables à ceux de l’adulte. L’enjeu est d’autant plus critique que la petite enfance constitue une période clé pour du neurodéveloppement.
Chikungunya : des séquelles chroniques chez plus de la moitié des patients
Le Pr Antoine Bertolotti, infectiologue au CHU de La Réunion, a partagé pour sa part les premiers résultats d’une cohorte prospective de 180 patients constituée lors de la résurgence épidémique de chikungunya à La Réunion en 2025, vingt ans après la première grande épidémie de 2005-2006. Ces données, encore en cours de consolidation, rejoignent les tendances observées au niveau international.
À trois mois de l’infection, 74% des patients suivis présentaient encore des symptômes : fatigue dans la moitié des cas, douleurs articulaires persistantes qui sont la marque de fabrique du chikungunya qui signifie «homme courbé» dans la langue kimakonde du sud de la Tanzanie, douleurs musculaires dans environ un tiers des cas, mais aussi troubles de la concentration, troubles du sommeil, vertiges, manifestations cutanées et symptômes oculaires. À six mois, la proportion de patients symptomatiques restait de l’ordre de 55%, avec des douleurs articulaires toujours présentes chez un patient sur deux.
Fait notable, une persistance virale a été mise en évidence chez certains patients plusieurs mois après l’infection, par des PCRPCR "Polymerase Chain Reaction" en anglais ou réaction en chaîne par polymérase en français. Il s'agit d'une méthode de biologie moléculaire d'amplification d'ADN in vitro (concentration et amplification génique par réaction de polymérisation en chaîne), utilisée dans les tests de dépistage. restées positives. Toutefois, la situation est complexe : certains patients dont la PCR reste positive ne présentent pas de symptômes, tandis que d’autres restent symptomatiques sans persistance virale détectable avec les techniques actuelles.
Antoine Bertolotti a également signalé des cas de patients réinfectés en 2025 après avoir déjà contracté le chikungunya en 2005-2006. Si leurs formes aiguës étaient généralement atténuées, certains ont vu ressurgir des douleurs articulaires anciennes. Par ailleurs, la cohorte a documenté des complications cardiovasculaires, comme le cas d’une patiente ayant fait un infarctus du myocarde quinze jours après la phase aiguë.
Syndrome post-Lyme : une clinique mieux définie
La Dr Alice Raffetin, infectiologue à l’hôpital de Villeneuve-Saint-Georges et membre d’un centre de référence pour les maladies vectorielles à tiques, a présenté l’état des connaissances sur le syndrome post-borréliose de Lyme (PTLDS, pour Post-Treatment Lyme Disease Syndrome). La maladie de Lyme, d’origine bactérienne à la différence des deux autres pathologies virales abordée, touche environ 64 personnes pour 100 000 habitants en France. Près de 20% des patients traités par antibiotiques développent ce syndrome post-infectieux.cette phrase n’est pas claire pour moi
Les symptômes du PTLDS (fatigue, douleurs musculaires et articulaires, paresthésies) sont rapportés par les patients mais non objectivables à l’examen clinique ni par les examens complémentaires. Cette invisibilité nourrit l’incompréhension et complique la relation médecin-patient. Les recommandations françaises de 2025, élaborées avec la Haute Autorité de santé, ont adopté la dénomination internationale PTLDS afin d’harmoniser les pratiques de recherche et de diagnostic à l’échelle internationale.
Dans les cinq centres de référence français, les patients adressés se répartissent schématiquement en quatre catégories depuis leur création en 2019 : environ 20% présentent une borréliose de Lyme à traiter, 10% un syndrome post-Lyme avéré, et près de 70% souffrent en réalité d’un autre diagnostic, principalement neurologique ou rhumatologique. Les diagnostics psychiatriques ou psychologiques ne représentent qu’environ 5% des cas, loin de l’idée reçue d’une psychologisation de la maladie.
La prise en charge repose aujourd’hui sur une approche pluridisciplinaire et personnalisée, incluant gestion de la douleur, réadaptation physique adaptée et accompagnement psychologique, avec une prise en charge articulée entre ville et hôpital. Neuf études randomisées montrent que la prolongation des antibiotiques au-delà du traitement initial n’apporte pas de bénéfice clinique. L’ANRS MIE finance actuellement un programme de recherche centré sur la compréhension des facteurs de risque, la meilleure définition des symptômes et l’identification de biomarqueurs, avec le projet d’une biobanque nationale, voire européenne.
Des mécanismes communs, une recherche transversale
Au-delà de la diversité des agents infectieux, les syndromes post-infectieux présentent des convergences frappantes : la persistance de l’agent pathogène ou de ses traces dans les tissus, l’inflammation chronique, les symptômes subjectifs invalidants (fatigue, douleurs, troubles cognitifs), l’absence de biomarqueurs validés en routine, errance diagnostique et déficit de prise en charge. Pour les trois pathologies, la recherche fondamentale progresse mais les essais thérapeutiques restent rares ou décevants, faute de ciblage suffisant.
Les intervenants se rejoignent sur quatre priorités : développer des biomarqueurs fiables, financer des essais thérapeutiques mieux ciblés, constituer des cohortes pédiatriques et mieux informer les soignants comme le grand public.