Grippe aviaire A (H5N1) : un nouveau virus réassortant à surveiller au Cambodge et au Vietnam

L’épidémie de grippe aviaire hautement pathogène qui sévit actuellement au Cambodge et au Vietnam serait due à un virus réassortant, selon plusieurs études publiées récemment. La plupart des séquences virales semblent en effet appartenir à un virus produit par réassortiment génétique entre un ancien clade d’H5N1 circulant au Cambodge depuis 2014, le nouveau clade 2.3.4.4b qui circule à l’échelle mondiale et qui est responsable de nombreuses épizooties, et des virus de la grippe aviaire faiblement pathogènes.

Par Jérémie Louvétou, Vétérinaire, Amélie Pelletier, Vih.org

Cas humains de grippe aviaire A (H5N1) au Cambodge 2023-20241

Après une décennie sans aucun cas humain déclaré, le Cambodge est confronté depuis 2023 à une résurgence des infections par le virus de la grippe aviaire hautement pathogène (IAHP) A(H5N1), dont la mortalité globale atteint 38 %. Les cas surviennent principalement chez des enfants et des adolescents exposés à des volailles infectées. De février 2023 à août 2024, 16 infections ont été détectées grâce aux systèmes nationaux de surveillance des syndromes grippaux et des infections respiratoires aiguës sévères, tous deux renforcés par l’augmentation des capacités de laboratoire développée pendant la pandémie de CovidCovid-19 Une maladie à coronavirus, parfois désignée covid (d'après l'acronyme anglais de coronavirus disease) est une maladie causée par un coronavirus (CoV). L'expression peut faire référence aux maladies suivantes : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) causé par le virus SARS-CoV, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) causé par le virus MERS-CoV, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) causée par le virus SARS-CoV-2. Les enquêtes épidémiologiques ont permis d’identifier des virus génétiquement similaires chez des volailles dans ou autour des foyers touchés, ou grâce à une surveillance active et longitudinale des marchés de volailles vivantes. Le séquençage génomique a révélé une origine aviaire pour toutes les infections humaines, et les séquences ont été rendues publiques par l’intermédiaire de l’Initiative mondiale pour le partage des données sur la grippe (GISAID).

Cas humains de grippe aviaire hautement pathogène au Cambodge en 2023-2024. Le panneau A présente l’évolution trimestrielle du nombre de cas humains depuis 2005. Le panneau B détaille les foyers épidémiques par province de février 2023 à août 2024. Les silhouettes représentent l’âge, le sexe et l’évolution clinique de chaque patient. Les cas dus au virus historique 2.3.2.1e sont représentés en violet, et les cas de réassortiment viral en orange. Source Siegers JY, et al. (2025) http://doi.org/10.1056/NEJMc2504302

Bien que la plupart des cas soient survenus dans des foyers distincts, des infections multiples ont été observées dans 4 foyers. Un foyer père-fille a initialement suggéré une transmission interhumaine, mais les enquêtes épidémiologiques menées ont révélé une apparition simultanée des symptômes et un contact direct avec des volailles infectées de basse-cour, ce qui souligne que l’exposition aux volailles est le facteur le plus probable de ces infections.

Arbre phylogénétique selon le temps, reflétant l’évolution du cladeClade Les clades désignent les variations d’un même virus qui ont divergé au gré des mutations génétiques. 2.3.2.1e du virus A(H5N1) chez les volailles d’Asie du Sud-Est depuis 2016 relatifs aux cas humains de 2023-2024 au Cambodge. Les nœuds terminaux (cercles) indiquent les virus isolés chez l’humain. Les flèches mettent en évidence deux génotypes réassortis distincts, dérivés du clade 2.3.2.1e et du clade 2.3.4.4b, ainsi que des virus de la grippe aviaire faiblement pathogènes. Les schémas viraux représentent les segments géniques de la grippe (PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, M et NS), classés par ordre de longueur. Source Siegers JY, et al. (2025) http://doi.org/10.1056/NEJMc2504302

Dans un article publié dans le New England Journal of Medicine le 22 octobre 2025, des chercheurs, parmi lesquels Eric Karlsson (Institut Pasteur du Cambodge à Phnom Penh), indiquent que les premiers cas, survenus en février 2023, étaient dus au clade A (H5N1) 2.3.2.1e, endémique dans la région (anciennement classé 2.3.2.1c selon la nomenclature de l’OMS), tandis que les cas ultérieurs étaient associés à un nouveau virus réassortant. Le clade local 2.3.2.1e a acquis des gènes du clade 2.3.4.4b et de plusieurs virus de la grippe aviaire faiblement pathogènes, probablement par transmission via des oiseaux sauvages ou des volailles non détectées ; le manque de données génomiques ne permet cependant pas d’attribuer la source avec certitude. Ce virus réassortant s’est propagé dans la sous-région du Grand Mékong (qui couvre tous les pays du Yunnan en Chine, Thaïlande, Birmanie, Laos, Cambodge, Vietnam), remplaçant les souches précédentes. Il est à noter que ce virus porte des signatures génomiques (par exemple, PB2:E627K) associées à une activité polymérase, une virulence et une capacité de réplication accrues chez les oiseaux et les mammifères, ce qui représente un risque plus important en matière de transmission zoonotique et pour la filière avicole.

Acides aminés marqueurs d’importance phénotypique détectés dans les séquences du virus H5N1 clade 2.3.2.1e chez les humains en 2023-2024 au Cambodge. Signatures des acides aminés associées aux effets sur le phénotype, d’après Suttie et al. (2019). Source Siegers JY, et al. (2025) http://doi.org/10.1056/NEJMc2504302

Ce réassortiment inédit, ce remplacement génotypique et cette résurgence chez l’homme soulignent la nature dynamique et imprévisible de l’évolution du virus IAHP A(H5N1), en particulier dans les régions où les interactions entre volailles et humains sont importantes. Le paysage génétique de ce virus évolue rapidement : depuis 2021, il a étendu son aire de répartition géographique et le nombre d’hôtes, augmentant ainsi le risque de transmission zoonotique. Pour les auteurs de l’étude, l’épidémie au Cambodge souligne la nécessité d’investissements dans l’approche « One Health » intégrant la surveillance en temps réel, le partage de données intersectoriel et le suivi génomique afin d’atténuer les risques de pandémie.

Accélération des cas humains au Cambodge en 2025

Les données pour l’année 2025 viennent confirmer l’urgence d’une telle démarche. Le Cambodge a en effet déclaré 18 nouvelles infections humaines par le virus de la grippe aviaire A(H5N1), dont le dernier cas remonte au 15 novembre, et dont au moins 9 se sont avérées mortelles (taux de létalité de 50 %) ; 7 sont survenues en juin, une incidence inhabituelle qui a conduit l’OMS à émettre un Disease Outbreak News le 5 juillet 20252 recensant 83 infections humaines par ce même virus depuis 2003, dont 49 mortelles (taux de létalité de 59 %).

Selon le Règlement Sanitaire International (RSI), une infection humaine causée par un nouveau sous-type de virus de la grippe A est un événement susceptible d’avoir un impact important sur la santé publique et doit être notifié à l’OMS. En juillet 2025, cette dernière a qualifié de faible le risque de la population générale, et de faible à modéré celui des personnes exposées professionnellement au virus, comme les travailleurs agricoles. Ces risques sont régulièrement réévalués en fonction des nouvelles informations.

Source OMS : données au 05 juillet 2025 https://www.who.int/emergencies/disease-outbreak-news/item/2025-DON575

Grippe aviaire A (H5N1) chez les tigres dans des zoos du Sud du Vietnam

Au Vietnam, 2 infections humaines par le virus H5N1-IAHP ont été signalées en 2024, l’une chez un étudiant de 21 ans qui en est décédé en mars3, l’autre chez un jeune homme de 18 ans mort en novembre4. Lors de la surveillance des volailles menée dans ce pays de 2017 à 2022, 3,6 % des échantillons testés en moyenne étaient positifs au sous-type H5 du virus de la grippe aviaire. Pour la seule année 2022, ce taux avait atteint 5,8 %, témoignant d’une augmentation des infections aviaires au cours des dernières années. Le clade 2.3.2.1e du H5N1- IAHP semble principalement circuler dans le sud du Vietnam, tandis que les souches du clade 2.3.4.4b sont présentes dans tout le pays depuis 2021.

Entre août et octobre 2024, ce pays a, par ailleurs, connu un épisode inédit : 47 tigres et 3 léopards sont morts d’une infection par un virus H5N1 hautement pathogène, un phénomène rare chez les mammifères et particulièrement inhabituel chez des félins captifs. Une équipe vietnamo-japonaise a mené une enquête approfondie5 afin de comprendre l’origine du virus, ses caractéristiques génétiques, et surtout son potentiel d’adaptation aux mammifères, un enjeu crucial de santé publique.

Carte des provinces vietnamiennes et cambodgiennes où des cas d’infection par le sous-type H5N1 du clade 2.3.2.1e du virus de la grippe aviaire hautement pathogène ont été identifiés. Les provinces du Vietnam et du Cambodge sont représentées respectivement en violet clair et en bleu clair. Les cercles jaunes représentent les capitales du Vietnam et du Cambodge ; le carré noir représente Hô Chi Minh-Ville. Source : Amano, M., et al. (2025). https://doi.org/10.1080/22221751.2025.2582252

L’analyse phylogénétique réalisée à partir de séquences H5N1 recueillies a révélé que la souche détectée chez les tigres (souche Tiger H5N1) appartenait au clade 2.3.2.1e et qu’elle était étroitement apparentée au virus responsable des infections humaines signalées au Cambodge depuis 2023, apprend-on dans l’étude publiée en juillet dans Emerging Microbes & Infections. Selon les auteurs, ce virus serait entré au Vietnam fin 2023 et se serait propagé d’abord chez les volailles au premier semestre 2024, puis chez les félins au second semestre 2024.

Les caractéristiques génétiques du virus sont particulièrement préoccupantes :

  • La souche identifiée chez les tigres porte la mutation PB2 E627K, connue pour faciliter la réplication du virus dans les cellules de mammifères ;
  • Les protéines HA présentent des substitutions N158D et T160A, associées à une transmissibilité accrue chez les mammifères ;
  • Plusieurs mutations uniques ont été détectées chez les tigres (positions 188, 189, 242 dans HA, et 555 dans PB2), suggérant une évolution active du virus lors de l’épisode vietnamien.

Les auteurs soulignent que l’émergence d’un virus réassortant mêlant forte infectiosité aviaire et adaptation mammalienne pourrait poser un risque pandémique. D’où l’importance d’un suivi étroit des populations aviaires et mammifères, incluant les humains exposés.

Selon les auteurs le dernier grand rapport étudiant les lignées et distributions des virus de la grippe H5N1 au Vietnam a été publié en 20196. Ce rapport indiquait que le clade 2.3.2.1 était présent dans le centre et le Sud du pays, tandis que le clade 2.3.4.4 était prédominant dans le Nord du pays. Cependant, depuis 2020, le clade 2.3.4.4b s’est rapidement propagé à travers le monde, entraînant des épizootiesEpizootie Épidémie qui frappe les animaux. de grippe aviaire signalées dans 84 pays entre 2022 et 2023 : aux États-Unis, les réseaux de surveillance US CDC ont ainsi rapporté 70 cas (dont 1 décès) chez les travailleurs des élevages avicoles et laitiers7 depuis février 2024, principalement dus à ce clade. Au Vietnam, le clade 2.3.4.4b s’est également étendu à l’ensemble du territoire national depuis 2020, pour devenir majoritaire en 2025. Actuellement, les cladesClade Les clades désignent les variations d’un même virus qui ont divergé au gré des mutations génétiques. 2.3.2.1e et 2.3.4.4b sont présents dans la même zone géographique du Sud du Vietnam. L’identification, dans cette étude, de virus du clade 2.3.2.1e présentant un potentiel d’adaptation aux mammifères doit susciter des inquiétudes quant à l’acquisition de cette capacité par réassortiment génétique, en particulier avec une lignée hautement infectieuse telle que le clade 2.3.4.4b. Il est donc essentiel de surveiller attentivement l’émergence de virus réassortants au Vietnam au cours de la prochaine décennie.

Cas humains de grippe aviaire A(H5N1) dans la région des Amériques depuis 2022 et au 8 octobre 2025. Le cas le plus récent a été enregistré au Mexique le 2 octobre 2025, en plus du cas signalé dans ce même pays le 2 avril 2025. Les autres cas sont répartis comme suit : 71 cas aux États-Unis (1 en 2022 et 70 depuis 2024), 1 cas au Canada confirmé le 13 novembre 2024, 1 cas au Chili signalé le 29 mars 2023 et 1 cas en Équateur signalé le 9 janvier 2023. Source PAHO https://www.paho.org/sites/default/files/2025-10/2025-oct-15-phe-update-avian-influenza.pdf

Surveillance des marchés aux oiseaux et volailles au Vietnam

Les marchés aux volailles et oiseaux vivants en Asie sont souvent à l’origine d’infections humaines par le virus de la grippe aviaire (VGA). De juillet 2021 à août 2023, une approche « One Health » a été conduite pour surveiller les nouveaux virus de la grippe A dans 5 marchés de volailles vivantes du nord du Vietnam. Les résultats sont publiés dans l’édition de décembre de l’International Journal of Infectious Diseases8.

Carte du Vietnam montrant la localisation des marchés aux oiseaux et volailles vivantes étudiés (panneau A) et la répartition des échantillons prélevés par type (panneau B) et lieu de prélèvement (panneau C). Lavages nasaux humains (NW), écouvillons oropharyngés d’oiseaux et volailles (OS), écouvillons fécaux de cages (FS) et échantillons de bioaérosols (BS). Les proportions indiquées dans les panneaux B et C se rapportent aux 688 échantillons analysés au total à l’University of Texas Medical Branch. Source : Bui, Vuong N. et al. (2025) https://doi.org/10.1016/j.ijid.2025.108132

Au total, 688 échantillons humains, aviaires et de bioaérosols ont été étudiés. Parmi ceux-ci, 17 % contenaient des virus de grippe aviaire (VGA). Le séquençage de nouvelle génération de virus isolés a révélé la présence de plusieurs sous-types de VGA, notamment H5N1, H5N8 et H9N2, ainsi que des infections mixtes. Les séquences H5Nx appartenaient au clade 2.3.4.4b de la lignée eurasienne.

Pour les auteurs de l’étude, la prévalencePrévalence Nombre de personnes atteintes par une infection ou autre maladie donnée dans une population déterminée. relativement élevée du VGA, en particulier des virus H5N1 et H5N8 hautement pathogènes, ainsi que la diversité des sous-types, la fréquence des co-infections et les mutations notables, soulignent l’urgence de poursuivre la surveillance et le contrôle du VGA dans les élevages de volailles et les marchés de gros au Vietnam.

Conclusion

La présence simultanée des virus d’IAHP appartenant aux clades 2.3.2.1e et 2.3.4.4b a permis l’émergence d’une nouvelle souche de virus réassortant responsable d’infections humaines (létales à près de 40 %) au Cambodge et d’infections mortelles chez les tigres au Vietnam. L’identification de virus du clade 2.3.2.1e présentant un potentiel d’adaptation aux mammifères par réassortiment génétique, en particulier avec une lignée hautement infectieuse telle que le clade 2.3.4.4b, doit susciter la plus grande vigilance.

Avec l’importante circulation des virus de la grippe aviaire dans les populations animales au niveau mondial, les infections humaines restent cependant rares et aucune transmission interhumaine n’a été documentée. Même si le risque d’infection par les virus de la grippe aviaire A (H5) demeure faible pour la population générale, et faible à modérée pour les personnes exposées à des animaux infectés ou à des environnements contaminés, l’épidémie au Cambodge et les décès de grands félins de zoo au Vietnam soulignent la nécessité fondamentale de l’approche « One Health » intégrant la surveillance en temps réel, le partage intersectoriel de données et le suivi génomique afin de limiter les risques de pandémie.

Références

  1. Siegers JY, Xie R, Edwards KM, et al. (2025) Resurgence of zoonotic highly pathogenic avian influenza A(H5N1) virus in Cambodia. N Engl J Med 2025;393:1650-2. http://doi.org/10.1056/NEJMc2504302 ↩︎
  2. OMS – veilles sur les épidémies – Grippe aviaire A(H5N1) – Vietnam (publiée le 02 avril 2024) https://www.who.int/emergencies/disease-outbreak-news/item/2024-DON511 ↩︎
  3. OMS – veilles sur les épidémies – Grippe aviaire A(H5N1) – Cambodge (publiée le 05 juillet 2025) https://www.who.int/emergencies/disease-outbreak-news/item/2025-DON575 ↩︎
  4. Schnirring Lisa, CIDRAP Vietnam reports human H5 avian flu case (publié le 04 décembre 2024) https://www.cidrap.umn.edu/avian-influenza-bird-flu/vietnam-reports-human-h5-avian-flu-case ↩︎
  5. Amano, M., Nga, N. T., Le Khanh Hang, et al. (2025). Tiger deaths in Vietnam due to infection with H5N1 highly pathogenic avian influenza virus bearing mutations associated with mammalian host adaptation. Emerging Microbes & Infections, 14(1). https://doi.org/10.1080/22221751.2025.2582252 ↩︎
  6. US CDC H5 Bird Flu: Current Situation (données au 11 novembre 2025) https://www.cdc.gov/bird-flu/situation-summary/index.html ↩︎
  7. Nguyen, L.T., Firestone, S.M., Stevenson, M.A. et al. A systematic study towards evolutionary and epidemiological dynamics of currently predominant H5 highly pathogenic avian influenza viruses in Vietnam. Sci Rep 9, 7723 (2019). https://doi.org/10.1038/s41598-019-42638-4 ↩︎
  8. Bui, Vuong N. et al., (2025) Active surveillance for emerging influenza A virus: findings from a one health study in Vietnam’s live bird markets International Journal of Infectious Diseases, Volume 161, 108132 https://doi.org/10.1016/j.ijid.2025.108132 ↩︎

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