Gilles Raguin s'est, en outre, investi pendant près de 10 ans auprès de Médecins du Monde, d'abord à titre bénévole puis, de 2002 à 2005, comme Directeur des Opérations Internationales.

Il a participé à des projets de recherche en tant qu'investigateur principal ou co-investigateur, en France et aux Etats Unis, et collabore avec la Commission Recherche dans les pays en développement de l'ANRS depuis 1999.

Il était Directeur Médical et Scientifique du GIP ESTHER depuis juillet 2006 ; il est également, depuis 2002, attaché au service des Maladies Infectieuses et Tropicales de l'Hôpital Saint-Antoine.

Son expérience hospitalière, associative et internationale sera bénéfique pour la consolidation et le développement d'ESTHER.

Sa mission à la direction d'ESTHER, sous la présidence du Pr. Dominique Israël-Biet, sera de capitaliser sur les réussites d'ESTHER pour donner davantage d'efficacité et de visibilité à l'action de la France dans le secteur de la santé. Il devra également accompagner ESTHER dans son évolution à moyen terme pour faire face aux défis de la lutte contre le Sida .